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新型冠狀病毒核酸檢測(cè)方案
來(lái)源:東岱科學(xué)器材日期:2020-02-25 15:00:00瀏覽次數(shù):次
2019年底在湖北省武漢市爆發(fā)的新型冠狀病毒被列為乙類傳染病,具有高傳染性,按照國(guó)家規(guī)定,需采用甲類傳染病的預(yù)防,控制措施。
那么,怎樣在“金標(biāo)準(zhǔn)”核酸檢測(cè)方法下做好病毒檢測(cè)工作呢?
根據(jù)目前研究已知,該病毒基因組大小約為30kb,具有ORF1a/b非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū);結(jié)構(gòu)蛋白E(Envelop),M(膜蛋白),N(核衣殼),S(表面蛋白)編碼區(qū);輔助蛋白o(hù)rf 3, 6, 7a, 7b, 8和9b編碼區(qū)。因此,檢測(cè)的探針引物設(shè)計(jì)必須保證準(zhǔn)確性和特異性。羅氏的TIB檢測(cè)試劑盒在設(shè)計(jì)時(shí),參照已發(fā)表的病毒基因組序列設(shè)計(jì)了三組探針引物,分別是E基因,RdRP基因(位于ORF1ab)和N基因。其中E基因保守性強(qiáng),用于初步篩查;RdRP基因特異性強(qiáng),用于COVID-19(WHO最新命名)的檢測(cè);N基因特異性較強(qiáng),用于復(fù)檢防止漏檢,也可檢測(cè)類SARS病毒。整體設(shè)計(jì)比較嚴(yán)謹(jǐn)合理,符合當(dāng)下的檢測(cè)需要。
當(dāng)拿到檢測(cè)試劑盒后,又要怎樣開展實(shí)驗(yàn)?zāi)??下面是一個(gè)簡(jiǎn)易的流程圖:
首先,樣本采集。樣本類型主要分為呼吸道樣本,血液樣本和糞便樣本。
呼吸道樣本:
1. 上呼吸道標(biāo)本:包括咽拭子、鼻拭子,鼻咽或口咽抽吸物或洗液等。
2. 下呼吸道標(biāo)本:支氣管肺泡灌洗液、呼吸道抽取物、痰液和肺組織活檢標(biāo)本。
注意: 拭子標(biāo)本只能用帶有鋁桿或塑料桿的人造合成拭子頭(例如聚酯纖維或滌綸)收集。不允許使用木桿的海藻酸鈣或棉質(zhì)的拭子頭。
血液樣本:
盡量采集發(fā)病后7天的急性期抗凝血。采集量5 ml, 以空腹為佳,建議使用含有EDTA抗凝劑的真空采血管血液。
糞便樣本:
出現(xiàn)腹瀉癥狀的患者需采集糞便標(biāo)本(肛門拭子)。
(同時(shí),要注意的是,標(biāo)本采集后在4℃最多保存72小時(shí);如果不能及時(shí)檢測(cè),則將標(biāo)本在-70 ℃或以下保存;提取的核酸應(yīng)在-70℃或以下保存。)
再次,是樣本前處理。
根據(jù)國(guó)家衛(wèi)健委的建議,要經(jīng)過(guò)56℃,30分鐘的滅活處理;或者按照WHO的方案,可加入含有(硫氰酸胍,異硫氰酸胍)胍鹽的裂解液,高溫孵育, 60℃ 60 min。為了最大程度上保證實(shí)驗(yàn)人員的安全,推薦使用羅氏提供的MagNA Pure 96 External lysis buffer(含胍鹽)進(jìn)行外部裂解與滅活。
然后,進(jìn)入到核酸提取階段,分為手工提取法和全自動(dòng)核酸提取。
核酸提取是整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程中比較關(guān)鍵的步驟,若提取效果不佳,會(huì)影響到后續(xù)的實(shí)驗(yàn)和結(jié)果分析。
手工提取可以采用市售各品牌手提試劑盒,也可以選擇羅氏的High Pure Viral RNA Isolation Kit手提試劑盒,該試劑盒采用的是柱式提取法,效果比較穩(wěn)定。
全自動(dòng)核酸提取會(huì)越來(lái)越多應(yīng)用在臨檢部門,特別是針對(duì)這種突發(fā)情況,可以做到在短時(shí)間大批量(1個(gè)小時(shí)96個(gè)樣品)的開展核酸提取工作。我們推薦的病毒核酸自動(dòng)提取方案如下:
(其中設(shè)備下的提取Protocol全部經(jīng)過(guò)驗(yàn)證,可以滿足此次疫情的核酸提取需要。)
接下來(lái),得到滿足檢測(cè)要求的核酸后,就可以開展定量PCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)樣本了。根據(jù)不同實(shí)驗(yàn)室的要求,對(duì)樣本的布板可以采取以下形式:
注意:1. NTC至少1個(gè);PC一個(gè);陽(yáng)性質(zhì)控品開蓋前離心,防止污染。
2. 室間質(zhì)評(píng):NC三個(gè)隨機(jī)放置;LPC 一個(gè)
(北京市開展新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測(cè)質(zhì)量控制的工作方案(試行第一版)
在熒光定量PCR儀上的設(shè)置按如下程序進(jìn)行:
反轉(zhuǎn)錄,55℃,5min——預(yù)變性,95℃,5min——擴(kuò)增,95℃,5s;60℃,15s,采集信號(hào);72℃,15s(45Cycler)——冷卻,40℃,30s。
可適用于羅氏品牌下的LightCycler 480 I,LightCycler 480 II,LightCycler 96和Cobas Z480等機(jī)型上。
結(jié)果的判讀,遵循綜合判定法,即:
最后為實(shí)驗(yàn)后的消毒處理,所有操作臺(tái)面用75%酒精或其他消毒液噴灑消毒,所有個(gè)人防護(hù)用品經(jīng)高壓滅菌后處理,放入三層醫(yī)療廢物袋中集中處理。(可參考北京協(xié)和醫(yī)院發(fā)布的個(gè)人防護(hù)方案和檢測(cè)后處理方案。)